SHZ má vysokoprepracovanú organizačnú štruktúru, ktorá sa vyvíjala niekoľko rokov od jej vzniku a v posledných rokoch dostala svoju veľmi jasnú a zreteľnú tvár. Riadi sa vypracovanými stanovami organizácie, ktoré sú registrované na Ministerstve vnútra SR a má vysokoprepracované interné predpisy.

Normy, smernice a predpisy SHZ:

• Stanovy
• Organizačný poriadok
• Rokovací poriadok
• Štatút Republikového výboru
• Štatút Revíznej komisie
• Smernice (napr. o úhrade cestovných výloh, úhrade telefónnych poplatkov a pod.)

SHZ má svoje orgány budované na územnom princípe. Všetky orgány SHZ sú volené zdola nahor a v ich práci sa uplatňujú zásady kolektívneho rozhodovania pri zachovaní zodpovednosti jednotlivca.

Orgány SHZ:

• Valné zhromaždenie (ďalej len VZ)
• Republikový výbor (ďalej len RepV)
• Revízna komisia (ďalej len RK)
• Rozšírený výbor (ďalej len RV)
• Regionálne skupiny (ďalej len RegS)
• Odborné sekcie SHZ (vo funkcii poradných orgánov)

Komisie

Vytvárajú sa podľa potreby a slúžia na obohatenie činnosti SHZ. V súčasnosti existujú nasledovné komisie: komisia pre pomoc pri získavaní sponzorstva, komisia pre zviditeľňovanie našej organizácie (public relation), komisia pre sociálne otázky členov SHZ a redakčná rada pre vydávanie periodík a publikácií.